Archive for November, 2018

Bagaimana mengkonversi file output Gamess-US menjadi file PDB ?

Pekerjaan Optimasi Geometri atau mencari struktur Equilibrium hampir menjadi pekerjaan rutin untuk mereka yang bekerja dengan Docking dan Simulasi Dinamika Molekul. Pada Docking, ligan yang di tambatkan pada molekul reseptor sebaik-nya dilakukan Optimasi Geometri terlebih dahulu. Mengapa demikian ? karena molekul pada keadaan alamiahnya akan mencari kondisi yang paling rendah energi-nya. Energi yang paling rendah itu disebut juga kondisi yang paling optimum geometri-nya.

Sehingga bila kita melakukan Docking dengan menggunakan molekul ligan yang sudah di optimasi geometri-nya dan molekul reseptor yang sudah diminimisasi energi-nya maka diharapkan kita akan meminimalkan kesalahan komputasi.

Optimasi yang sederhana menggunakan Avogadro. Setting Optimasi-nya dan tinggal Klik saja.

Optimasi yang sedikit repot menggunkana Gamess-US. File input-nya sendiri disiapkan dengan menggunakan Avogadro.

Asumsinya kita telah melakukan Optimasi Geometri dengan menggunakna Gamess-US. Output yang kita peroleh adalah file LOG.

File LOG tersebut dapat kita buka dengan menggunakan VMD. Perintahnya tinggal: vmd file-log.log
Dan dari vmd kita-pun dapat menyimpan menjadi file pdb. Namun ini SANGAT tidak disarankan. Mengapa ? karena atom-atom yang tersimpan tidak memiliki konektivitas dan kode masing-masing atom. sehingga akan kesulitan untuk diperlakukan lebih lanjut misalkan untuk diperlakukan dengan Antechamber.

 

Cara yang direkomendasikan adalah menggunakan Babel.

Perintahnya: babel -i gam file-log.log -o pdb file-pdb.pdb 

Dan bila ada puluhan file-log dapat kita gunakan script pendek. Perintah diatas dapat dibuat dalam bentuk script.

 

Semoga membantu

Darmaga, Kamis 20:52 01-November-2018